از جمله اهداف اصلی شکل‌گیری خانه طبیعت گرگان، ترویج، حفظ و استفاده عقلانی انسان از طبیعت در جهت فرهنگ‌سازی و آموزش شهروندی پایدار و همچنین ترویج و ارتقای فرهنگ دوستی با طبیعت وتفرجگاه‌ها به شکلی که ارزش‌ها و خدمات ممکن طبیعت نه تنها توسط نسل حاضر استفاده شود، بلکه زمینه‌های مشارکت مردمی برای نگهداری ارزش‌ها برای نسل آتی نیز حفظ گردد.

آموزش مبانی و ارکان اصلی منابع طبیعی و علوم کشاورزی در تمام زمینه‌ها (زمین، آب، هوا، گیاهان و جانوران)، آشنایی با مشکلات و تهدیدها و مفاهیم جدید علمی در هر بخش، بیان راهکارهای جدید در حل مشکلات و ایجاد فرصت و انگیزه برای ایده‌های نوین در تحقق مفهوم محیط‌زیست پایدار برای آیندگان از اهداف این مرکز می‌باشد.

علاوه بر آن خانه طبیعت گرگان با برگزاری کارگاه‌های عملی مانند طراحی،کاردستی، عکاسی، کاشت انواع گیاهان، برگزاری مسابقات انگیزشی مرتبط با محیط‌زیست،  تهیه و چاپ پوسترها و کارت‌های آموزشی،  برگزاری محافل ادبی و هنری ... سعی در پیشبرد امر تجربه با طبیعت برای اقشار مختلف و سنین مختلف دارد.